Начиная с 2008 г. в бюджетах бюджетной системы Российской Федерации могут предусматриваться субсидии автономным учреждениям. Автономным учреждением признается некоммерческая организация, созданная (Российской Федерацией, субъектом Российской Федерации или муниципальным образованием) для выполнения работ, оказания услуг в целях осуществления предусмотренных законодательством РФ полномочий органов государственной власти, полномочий органов местного самоуправления в сферах науки, образования, здравоохранения, культуры, социальной защиты, занятости населения, физической культуры и спорта (ст. 2 Федерального закона от 3 ноября 2006 г. N 174-ФЗ "Об автономных учреждениях"). Указанные субсидии могут включать субсидии на возмещение нормативных затрат на оказание данными автономными учреждениями в соответствии с государственным (муниципальным) заданием государственных (муниципальных) услуг. Порядок определения объема и предоставления указанных субсидий из бюджетов и внебюджетных фондов бюджетной системы РФ устанавливается соответствующими высшими органами исполнительной власти.Например, в соответствии со ст. 84 Закона "О федеральном бюджете на 2007 год" остатки средств федерального бюджета на 1 января 2007 г. направляются в том числе на поддержку и развитие сети национальных университетов РФ 1 000 000 тыс. рублей.Кроме субсидий автономным учреждениям только в федеральном законе о федеральном бюджете могут предусматриваться субсидии иным некоммерческим организациям, не являющимся автономными и бюджетными учреждениями, в порядке, устанавливаемом Правительством Российской Федерации.